Ces dernières semaines, des sous-lignées BQ.1 ont émergé dans de nombreuses régions, notamment en Europe et aux États-Unis ; L’Inde a récemment détecté BQ.1 à Pune
Ces dernières semaines, des sous-lignées BQ.1 ont émergé dans de nombreuses régions, notamment en Europe et aux États-Unis ; L’Inde a récemment détecté BQ.1 à Pune
gles mutations énétiques sont les moteurs de l’évolution des organismes. Toutes les mutations ne sont pas fonctionnelles. Cependant, ceux qui ont un avantage fonctionnel ont tendance à émerger avec le temps que ceux qui n’en ont pas. Cependant, les virus pouvaient rarement évoluer en échangeant de grands fragments du génome appelés recombinaison. Les événements de recombinaison sont rares et se produisent lorsque deux virus ou lignées co-infectent une cellule. Les recombinaisons donnent des virus qui ont un génome mixte, chaque partie du mélange provenant des génomes parents qui se sont recombinés. Alors que la plupart des recombinaisons aboutissent à un génome dysfonctionnel, dans de rares cas, elles peuvent réunir le meilleur de deux virus avec des avantages fonctionnels significatifs entraînant leur émergence. De telles recombinaisons sont bien étudiées pour un certain nombre de virus, y compris la grippe.
Lignées recombinantes
Le SRAS-CoV-2 a également le potentiel de se recombiner, et un certain nombre de lignées recombinantes ont été observées pendant la pandémie. Le réseau PANGO, un consortium ouvert et mondial de chercheurs, fournit un système pour nommer différentes lignées de SARS-CoV-2 et à ce jour, 49 lignées recombinantes de SARS-CoV-2 ont été détectées et ont reçu un nom de lignée. Les noms de lignées recombinantes commencent par la lettre « X », suivie de lettres qui indiquent l’ordre de leur détection. XA, une lignée recombinante entre les lignées B.1.1.7 (Alpha) et B.1.177 du virus, a été la première lignée recombinante du SRAS-CoV-2 et a été détectée au Royaume-Uni au début de 2021.
Par la suite, des lignées recombinantes ont également été détectées et désignées, y compris la lignée XB, qui a été détectée aux États-Unis, et la lignée XC qui a été détectée au Japon et qui est un recombinant de B.1.1.7 (Alpha) et la sous-lignée AY.29 de Delta.
Il est important de suivre les lignées recombinantes du SRAS-CoV-2 car elles pourraient conduire à l’émergence d’une lignée meilleure que l’une ou l’autre des lignées parentales pour infecter les hôtes ou la capacité d’échapper à l’immunité suscitée par les vaccins. La surveillance génomique pour le suivi de l’émergence et de la prévalence des lignées est donc au cœur du suivi des variants.
Qu’est-ce que la lignée XBB
Alors que l’Europe et l’Amérique du Nord voient actuellement émerger des variants d’Omicron, notamment BQ.1 et ses sous-lignées, une lignée recombinante XBB émerge en Asie. Cette lignée est issue de la recombinaison de deux sous-lignées Omicron BJ.1 et BA.2.75. Les premières données (qui n’ont pas encore été examinées par des pairs) suggèrent que cette variante peut échapper à un large éventail d’anticorps monoclonaux ainsi qu’à la protection acquise par la vaccination avec ou sans infections antérieures, y compris avec Omicron. Bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires pour évaluer de manière concluante l’avantage de croissance de la lignée XBB, les données initiales suggèrent que la lignée pourrait potentiellement surpasser les sous-lignées Omicron qui circulaient auparavant.
Alors que la lignée XBB est présente dans plusieurs pays, dont l’Inde, XBB a considérablement émergé en même temps qu’une augmentation des infections au COVID-19 à Singapour. Alors que Singapour a détecté sa première variante XBB en septembre 2022, XBB et ses sous-lignées représentent plus de 50 % des génomes de Singapour ces dernières semaines. Alors que les autorités sanitaires de Singapour suggèrent que les résultats cliniques graves ne sont pas très probablement dus au XBB, les hospitalisations ont augmenté. Il est probablement trop tôt pour évaluer la gravité clinique à ce stade.
La première séquence du génome de XBB dans la base de données mondiale provenait de Kolkata en août 2022. Avec un total de 94 génomes, l’Inde possède le plus grand nombre de génomes XBB à ce jour. Ces génomes ont été déposés à partir de plusieurs États, dont le Maharashtra, le Gujarat, le Tamil Nadu et le Karnataka ; la majorité d’entre eux sont originaires du Tamil Nadu. Contrairement aux observations à Singapour, la prévalence croissante de XBB à travers l’Inde n’a pas encore été associée à un pic d’infections. Le suivi de la prévalence du XBB et de ses sous-lignées ainsi que du nombre d’infections dans le pays sera donc essentiel dans les jours à venir.
Outre la variante recombinante XBB, d’autres sous-lignées d’Omicron ont émergé à travers le monde. Sur les quelque 300 sous-lignées d’Omicron en circulation, ces dernières semaines ont vu des sous-lignées BQ.1 émerger en Europe et aux États-Unis, l’Inde a récemment détecté BQ.1 de Pune.
Clé de la détection
La surveillance génomique fournit la clé pour détecter et surveiller les lignées émergentes, y compris les lignées recombinantes du SRAS-CoV-2. Bien qu’il soit rassurant que la vaccination continue d’être efficace pour prévenir les conséquences graves du COVID-19, des efforts de recherche supplémentaires seront nécessaires pour répondre aux questions pressantes concernant l’impact de ces lignées émergentes sur la trajectoire de la pandémie. Ces temps difficiles appellent également à une utilisation plus large de méthodes éprouvées et efficaces comme les masques, la ventilation et l’évitement de l’entassement pour prévenir les infections, car la pandémie de COVID-19 n’est toujours pas terminée.
(Bani Jolly et Vinod Scaria sont chercheurs au CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology à Delhi. Les opinions exprimées sont personnelles)
