Publié le 10 décembre 2025 20h08:00. La pneumonie, une infection respiratoire courante, reste difficile à appréhender en raison de sa complexité et de la variabilité des réponses aux traitements. De nouvelles recherches mettent en lumière l’importance du microbiome pulmonaire dans la prédiction de l’évolution de la maladie.
- Une équipe de chercheurs a identifié quatre « pneumotypes » distincts, basés sur la composition microbienne des poumons des patients atteints de pneumonie.
- La stabilité du microbiome pulmonaire semble corrélée à la gravité de la maladie : les microbiomes les plus stables étant associés aux pires résultats.
- Les pneumonies d’origine orale (bouche et gorge) semblent induire une meilleure réponse immunitaire et un taux de guérison plus élevé.
Chaque année, aux États-Unis, environ 1,2 million de personnes sont admises aux urgences pour pneumonie, selon les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). Malgré cette prévalence, la pneumonie demeure une pathologie particulièrement insaisissable, tant en termes de prédiction de son évolution que d’efficacité des traitements. Il arrive fréquemment que des patients présentant le même diagnostic et recevant le même antibiotique connaissent des issues très différentes.
« La pneumonie est définie par ses symptômes, et non par sa cause », explique le Dr Hartmann. « Un nombre considérable de patients atteints de pneumonie ne permet pas aux médecins de déterminer avec certitude si l’infection est d’origine bactérienne, virale ou fongique. De plus, la pneumonie acquise en milieu hospitalier et la pneumonie nosocomiale présentent des caractéristiques très différentes. L’efficacité des antibiotiques dépend du type précis de bactérie en cause. »
Le Dr Wunderink souligne que « cette imprévisibilité a considérablement freiné les progrès de la recherche sur la pathogenèse de la pneumonie. Trop longtemps, nous nous sommes appuyés sur les méthodes de culture bactérienne du XIXe siècle pour étudier un problème majeur du XXIe siècle. Le séquençage des données nous permettra de mieux comprendre comment les patients contractent la pneumonie, quels microbes sont réellement impliqués et, en fin de compte, quel agent pathogène est responsable de l’infection chez un patient donné. »
Pour mieux cerner cette maladie complexe, le Dr Hartmann et ses collaborateurs ont entrepris d’identifier les microbes présents dans les poumons des patients atteints de pneumonie. En collaboration avec le Dr Wunderink de Northwestern Medicine, les scientifiques ont collecté des échantillons pulmonaires auprès de plus de 200 patients gravement atteints de pneumonie, hospitalisés en soins intensifs. Ils ont ensuite identifié les microbes présents dans ces échantillons et mesuré leur abondance.
En suivant l’évolution des microbiomes au fil du temps, l’équipe a identifié quatre modèles microbiens distincts, ou « pneumotypes », associés à différents types de pneumonie, notamment la pneumonie nosocomiale, la pneumonie hospitalière et la pneumonie d’aspiration. Les poumons des patients étaient dominés soit par des microbes habituellement présents dans la bouche, soit par des microbes présents sur la peau, soit par un mélange des deux. Le quatrième pneumotype était caractérisé par une prédominance du pathogène commun Staphylococcus aureus.
Les chercheurs ont constaté que le microbiome pulmonaire et la réponse immunitaire de l’hôte sont étroitement liés et évoluent conjointement. Ils ont également observé que les patients présentant des pneumotypes d’origine orale avaient plus de chances de se rétablir avec succès. Les pneumotypes cutanés et mixtes n’étaient pas clairement associés à la guérison ou à l’aggravation de l’état des patients. En revanche, les patients présentant des pneumotypes dominés par Staphylococcus aureus avaient tendance à connaître les issues les plus défavorables.
« Nous tentons encore de comprendre la signification de ces observations », précise le Dr Hartmann. « Une hypothèse plausible est que les poumons sont constamment exposés à des microbes d’origine orale. Les voies respiratoires supérieures, notamment la bouche et la gorge, sont en contact direct avec la salive, qui est constamment avalée et remonte. Il est possible que le système immunitaire soit déjà adapté à ces microbes d’origine orale et qu’il sache comment réagir lorsqu’il les rencontre. »
Les scientifiques ont également découvert que les résultats les plus défavorables étaient associés aux microbiomes pulmonaires les plus stables. « Les poumons, comme tout autre écosystème, réagissent aux perturbations en changeant », explique le Dr Hartmann. « Ces changements peuvent leur donner la capacité d’éliminer un agent pathogène. Mais si la communauté microbienne est trop stable, elle risque de ne pas être suffisamment flexible pour se défendre. Cependant, il est important de souligner que ces conclusions restent spéculatives. »
Pour valider ces hypothèses, le Dr Hartmann et ses collaborateurs prévoient de mener des expériences sur des cultures cellulaires. Les échantillons pulmonaires ont été obtenus par bronchoscopie, une procédure qui nécessite que les patients soient déjà sous ventilation mécanique. Bien que les expériences aient inclus des patients sous ventilation mécanique sans pneumonie comme groupe témoin, il n’a pas été possible d’inclure des sujets sains.
« À l’avenir, nous souhaitons cultiver ces organismes et les mettre en interaction dans un flacon pour observer leur comportement », conclut le Dr Hartmann. « Il semble que les communautés microbiennes et les différents pneumotypes jouent un rôle important. Et la stabilité ou l’instabilité de ce pneumotype est également un facteur déterminant. C’est un domaine de recherche fascinant. »
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