Un nouveau système d’alerte précoce, développé par des chercheurs italiens, pourrait révolutionner la surveillance de la grippe aviaire et anticiper les risques de transmission à d’autres espèces, y compris l’homme. Baptisé FluWarning, cet outil numérique analyse les mutations génétiques des virus pour détecter les signes avant-coureurs d’un possible “saut d’espèce”.
L’étude, publiée dans la revue Avancées scientifiques, s’inscrit dans le cadre du projet Prin Pnrr 2022 – Sensible, coordonné par Anna Bernasconi, professeure à l’École Polytechnique de Milan. Le projet réunit des experts de l’École Polytechnique de Milan (Stefano Ceri, Tommaso Alfonsi) et de l’Université de Milan (Matteo Chiara).
FluWarning s’appuie sur les données de la plateforme Gisaid, une base de données mondiale des séquences virales. Les chercheurs ont initialement entraîné le système sur les données de la pandémie de grippe H1N1 de 2009, un exemple bien documenté de transmission animale à humaine, avant de l’appliquer à la grippe aviaire H5N1, une souche particulièrement virulente qui affecte actuellement les oiseaux et, depuis l’année dernière, le bétail aux États-Unis.
Le système utilise une méthode statistique pour identifier les indicateurs de risque de transmission dans le génome viral. Il peut signaler des séquences anormales, isolément ou en groupe, et déclencher une alerte. Les virologues analysent ensuite ces séquences pour confirmer ou infirmer un éventuel saut d’espèce.
« Grâce à sa simplicité d’installation et à la possibilité de réaliser des analyses ciblées dans le temps et l’espace », explique Anna Bernasconi, « le logiciel FluWarning a le potentiel d’être utilisé par de nombreux laboratoires ou institutions de surveillance génomique au niveau régional, permettant ainsi des découvertes significatives à différentes échelles. » Le système est opérationnel et fournit des informations en temps réel sur les changements viraux.
Entre 2024 et 2025, deux génotypes H5N1 ont été associés à des foyers indépendants aux États-Unis, touchant notamment des élevages laitiers. « FluWarning a identifié des foyers d’activité virale dans plusieurs États américains, et notamment en Californie, où l’état d’urgence a été déclaré le 18 décembre 2024 en raison du risque de contamination du bétail », précise Matteo Chiara. « Il est remarquable que certaines alertes FluWarning soient apparues avant la publication des rapports officiels. »
Le système a également détecté des mutations spécifiques dans le gène de l’hémo-agglutinine (Ha), une protéine essentielle qui influence la manière dont le virus infecte les cellules. Il a ainsi pu suivre l’évolution du virus et identifier des marqueurs caractéristiques des souches californiennes.
« FluWarning représente une avancée importante vers une détection plus efficace des changements viraux susceptibles de présenter un risque pour les animaux ou les humains », conclut Stefano Ceri. « En rendant cette technologie largement accessible, nous espérons contribuer à renforcer la surveillance mondiale face à ce problème de santé publique. »
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