La vague actuelle de COVID-19 met en évidence un risque particulièrement élevé de réinfection par la variante Omicron du SARS-CoV-2. Pourquoi est-ce? Une équipe du Centre des maladies virales émergentes de l’Université de Genève (UNIGE) et des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) a analysé la capacité de neutralisation des anticorps de 120 personnes infectées par la souche originale du SARS-CoV-2, ou par l’un de ses Variantes Alpha, Beta, Gamma, Delta, Zeta ou Omicron (sous-variante BA.1). Et contrairement à ses prédécesseurs, Omicron semble être capable d’échapper aux anticorps générés par toutes les autres variantes. Chez les individus vaccinés, si la capacité de neutralisation est également réduite, elle reste bien supérieure à la seule immunité naturelle. Cela pourrait expliquer pourquoi Omicron est responsable d’une augmentation nette des infections par percée vaccinale, mais pas des hospitalisations. Ces résultats sont à lire dans la revue Communication Nature.
Depuis le début de la pandémie, le centre de dépistage ambulatoire des HUG propose le dépistage du SRAS-CoV-2 à la communauté. “En tant que centre national de référence des maladies virales émergentes, nous avons la capacité de séquencer une grande partie des cas positifs pour suivre l’apparition de nouveaux variants”, explique Isabella Eckerle, professeure au Département de médecine de la Faculté de médecine de l’UNIGE et responsable du Centre des maladies virales émergentes HUG-UNIGE, qui a dirigé ces travaux. “Depuis le début de l’année 2020, nous avons collecté des échantillons du virus original et de toutes ses variantes apparues en Suisse, même les plus rares comme Gamma ou Zeta. Cela en fait une collection complète d’échantillons d’individus aux antécédents infectieux différents, collectés selon un protocole identique.”
L’équipe de recherche a prélevé des échantillons de sang sur 120 volontaires préalablement infectés par l’un des différents variants, non vaccinés, ou vaccinés et infectés, soit avant soit après la vaccination. “Avec un âge moyen compris entre 28 et 52 ans, sans comorbidités majeures et une forme légère à modérée de COVID-19, cette cohorte représente la majorité des cas dans la communauté”, explique Isabella Eckerle.
Des niveaux d’anticorps dix fois plus élevés avec la vaccination
L’objectif était de déterminer dans quelle mesure les anticorps générés lors de la première infection étaient capables de neutraliser les différentes variantes du SARS-CoV-2. “Omicron s’est avéré le plus efficace pour échapper à l’immunité naturelle préexistante, ainsi que, dans une moindre mesure, à celle induite par la vaccination”, explique Benjamin Meyer, chercheur au Centre de vaccinologie du Département de pathologie et d’immunologie du Faculté de médecine de l’UNIGE. En effet, les niveaux d’anticorps contre le SRAS-CoV-2 ancestral chez les personnes vaccinées sont environ 10 fois plus élevés que chez les personnes qui n’ont développé qu’une immunité post-infection. De plus, la combinaison des deux, connue sous le nom d’immunité hybride, semble maintenir des niveaux d’anticorps réactifs encore plus élevés et plus larges.
“Ainsi, Omicron peut échapper à l’immunité existante et provoquer une infection, mais les hospitalisations et les décès dus au COVID-19, même avec Omicron, sont toujours réduits après la vaccination.” Néanmoins, le SARS-CoV-2 conserve une étonnante capacité à muter, qui semble également s’accélérer. “La vigilance reste de mise, d’autant que les courbes épidémiologiques sont en forte hausse depuis l’apparition de BA.5, la plus récente sous-variante d’Omicron”, ajoute Isabella Eckerle.
Les scientifiques ont également effectué une cartographie antigénique des différentes variantes, basée sur le même modèle utilisé pour déterminer les modifications antigéniques de la grippe. « Cette méthode computationnelle permet de représenter la distance entre les caractéristiques des antigènes des variants concernés : plus ils sont éloignés, moins les anticorps générés lors d’infections précédentes seront efficaces. Il s’avère que le sérotype Omicron est totalement différent. des autres, tout comme la variante Zeta, qui a disparu rapidement », rapporte Meriem Bekliz, chercheuse post-doctorale dans le laboratoire d’Isabella Eckerle et première auteure de cette étude.
Avancées dans la compréhension des virus
Jamais auparavant un virus respiratoire n’avait été scruté d’aussi près. “Ce virus, qui appartient à la même famille de coronavirus qui causent près d’un tiers des rhumes, peut, en l’absence de mesures, se propager comme une traînée de poudre dans des populations sans immunité pour le combattre”, explique Benjamin Meyer. “Nous disposons désormais d’outils de séquençage et d’observation moléculaire qui étaient inconnus il y a quelques années ; les découvertes que nous faisons aujourd’hui ouvrent des perspectives et une compréhension qui seront utiles bien au-delà du SARS-CoV-2.” La pandémie de COVID-19 a également permis une accélération sans précédent de la recherche sur les vaccins. Plusieurs équipes travaillent désormais sur des vaccins par pulvérisation nasale, plus faciles à administrer et surtout capables d’agir directement sur les muqueuses du nez et de la gorge, là où ils sont le plus utiles.
Ce travail a été réalisé grâce aux subventions du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS), de la Fondation Ancrage bienfaisance du groupe Pictet et de la Fondation privée des HUG.
