Publié le 17 décembre 2025 à 19h14. Une mine d’or épidémiologique, enfouie pendant des décennies dans les archives du ministère de la Santé de l’Ontario, a été sauvée de l’oubli par un chercheur de McMaster, offrant une perspective inédite sur plus d’un siècle d’évolution des maladies infectieuses au Canada.
- Un professeur de l’Université McMaster a découvert des données historiques sur les maladies infectieuses remontant à 1939.
- Ces données ont été compilées dans une nouvelle base de données publique, baptisée CANDID, contenant plus d’un million de chiffres d’incidence.
- Les chercheurs espèrent que cette base de données améliorera la préparation aux futures épidémies et incitera à une réévaluation des protocoles de partage de données en matière de santé publique.
C’est en explorant une zone de stockage peu fréquentée du ministère de la Santé de l’Ontario qu’il y a vingt-cinq ans, David Earn, professeur à l’Université McMaster, a fait une découverte inattendue : deux cartons remplis de documents manuscrits. Ces précieux sésames contenaient cinquante années de rapports hebdomadaires sur l’incidence des maladies infectieuses, couvrant la période de 1939 à 1989.
« Au départ, le ministère avait indiqué qu’il ne pouvait pas fournir ces données, invoquant un manque de temps pour fouiller dans ses archives », se souvient le professeur Earn, du Département de mathématiques et de statistique de McMaster. « J’ai alors proposé de me rendre à Toronto pour consulter les dossiers moi-même, si cela était possible. J’ai insisté, j’ai supplié, soulignant la valeur historique de ces documents, et je n’ai pas lâché l’affaire. Finalement, je suppose que j’ai été trop persévérant et ils ont accepté. »
Cette découverte fortuite a déclenché un vaste projet de recherche rétrospective, aboutissant à un inventaire exhaustif des données canadiennes sur les maladies infectieuses, province par province. Le fruit de ce travail a été publié récemment dans PLOS Global Public Health, et décrit par Earn comme un « ensemble de données véritablement magnifique » rassemblant plus de cent ans d’informations épidémiologiques historiques.
La nouvelle base de données – l’ensemble de données canadiennes sur l’incidence des maladies à déclaration obligatoire, ou « CANDID » – contient désormais plus d’un million de chiffres d’incidence de maladies infectieuses remontant à 1903. Elle capture le nombre de cas hebdomadaires, mensuels et trimestriels pour des maladies telles que la poliomyélite, l’hépatite, la tuberculose, la coqueluche, la grippe, la rubéole, les oreillons, la rougeole et bien d’autres, et suit leur propagation dans chaque province et territoire au fil du temps.
« Des données comme celles-ci révèlent la vitesse et la forme des épidémies récurrentes du passé et nous permettent de tester des modèles qui prédisent les schémas de propagation », explique Earn. « Ce nouvel ensemble de données peut être exploité pour comprendre l’écologie et l’évolution des maladies infectieuses tout au long de l’histoire du Canada et pour nous aider à nous préparer aux maladies émergentes et réémergentes à l’avenir. » L’équipe d’Earn a d’ailleurs déjà utilisé la base de données pour mieux comprendre l’incidence spatiale et temporelle de la polio et de la coqueluche sur plusieurs décennies de l’histoire du Canada.
Le projet, en préparation depuis 25 ans, a connu une accélération notable en 2021 grâce à une importante subvention du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG), qui a permis de recruter Steven Walker, un ancien boursier postdoctoral de McMaster, au sein de l’équipe.
Walker, désormais scientifique des données au sein du groupe d’Earn, a été chargé de préserver, de nettoyer et d’harmoniser les données issues de bibliothèques, de bureaux de santé publique et d’agences provinciales et fédérales à travers le Canada. « Nous commençons par numériser des documents manuscrits ou dactylographiés et les transcrivons manuellement dans Microsoft Excel pour garantir que nous disposions de répliques fidèles de chaque document original », explique Walker. « Mais ces répliques ne sont pas adaptées à l’analyse des données en raison d’un formatage incohérent. Nous avons donc également développé des structures de données flexibles, plus pratiques pour l’analyse et la découverte. »
Earn, membre de l’Institut Michael G. DeGroote pour la recherche sur les maladies infectieuses, espère que cette nouvelle base de données et les efforts considérables déployés pour la constituer, contribueront à faire évoluer les normes actuelles de déclaration des maladies infectieuses au Canada. Il souligne que la diffusion publique des données sur les maladies infectieuses est aujourd’hui, selon lui, moins favorable qu’elle ne l’a jamais été au cours du XXe siècle, y compris à l’ère pré-numérique.
En effet, l’Agence de la santé publique du Canada publie actuellement uniquement des chiffres d’incidence annuels et agrégés à l’échelle nationale, sans fournir d’informations hebdomadaires ou régionales, ce qui limite les possibilités d’études approfondies sur les schémas épidémiques, les effets saisonniers et les variations géographiques.
Earn estime que cette réduction de la résolution des données actuelles est principalement due à la protection de la vie privée des patients – une considération essentielle, mais qui, selon lui, peut être maintenue même avec un partage accru de données utiles. « Il est extrêmement important de protéger la vie privée des patients, et nos agences fédérales, provinciales et territoriales ont élaboré des protocoles de divulgation des données qui visent à garantir cette protection », précise-t-il. « Mais il n’y a aucune information au niveau individuel dans le décompte global des cas de maladies infectieuses, et aucune information permettant d’identifier des personnes ne peut être extraite de ces données. Je pense que les protocoles actuels de divulgation des données devraient être réexaminés de manière réfléchie et prudente, afin qu’ils donnent toujours la priorité à la confidentialité, mais permettent également la divulgation d’informations plus utiles, ce qui pourrait nous aider à nous préparer à de futures épidémies – au bénéfice de tous les Canadiens. »
En attendant, l’équipe d’Earn encourage les épidémiologistes du Canada et d’ailleurs à utiliser CANDID pour étudier les schémas d’incidence des maladies et tirer des enseignements des efforts de surveillance historique afin de renforcer la préparation en matière de santé publique.