La vaste diversité linguistique, culturelle et sociale de l’Inde est évidente depuis longtemps, mais ce n’est que maintenant que les scientifiques commencent à découvrir la richesse génétique qui la sous-tend. Dans une nouvelle étude dans les cellules, les chercheurs ont signalé un séquençage des génomes de 2 762 Indiens de 23 États et territoires de l’Union. Les données ont capturé la variation entre les castes, les groupes tribaux, la langue, la géographie et les paramètres ruraux aux urbains, offrant à ce jour la carte génomique la plus complète de l’Inde.
Les résultats sont frappants. L’étude a réaffirmé les trois principales sources d’ascendance indienne et a exploré comment cette histoire en couches, ainsi que des pratiques sociales enracinées, continuent de façonner la santé et le risque de maladie aujourd’hui.
Une migration, de nombreux mélanges
En utilisant des mutations comme horloges génétiques, l’étude a confirmé que les Indiens actuels descendent principalement d’une seule migration hors de l’Afrique il y a environ 50 000 ans. Bien que l’archéologie suggère une présence humaine antérieure dans le sous-continent, « ces populations n’ont peut-être pas survécu ou laissé des traces génétiques durables », a déclaré Elise Kerdoncuff, le premier auteur de l’étude.
Les chercheurs ont modélisé l’ascendance indienne comme un mélange de trois populations anciennes: des chasseurs-cueilleurs autochtones connus sous le nom d’anciens Indiens du Sud ancestral; Les agriculteurs néolithiques liés à l’Iran, mieux représentés par les éleveurs du quatrième millénaire avant JC de Sarazm dans le Tadjikistan actuel; et les pasteurs de steppe eurasiens, qui sont arrivés vers 2000 avant JC et sont associés à la propagation des langues indo-européennes.
Alors que la plupart des Indiens tombent le long d’un spectre génétique reflétant différentes proportions de ce mélange, des individus de l’est et du nord-est de l’Inde et un sous-ensemble du centre de l’Inde, portent des ascendances liées à l’Asie de l’Est, avec des niveaux atteignant jusqu’à 5% au Bengale occidental. Cela est probablement entré environ 520 après JC, après le déclin de l’Empire Gupta ou avec une propagation antérieure de riz.
Héritage de l’endogamie, parenté
La structure de la population de l’Inde reflète les pratiques de longue date du mariage au sein des communautés. Cela a produit de forts effets fondateurs, où un petit bassin de gènes ancestraux est amplifié au cours des générations. En conséquence, les Indiens, en particulier dans le sud de l’Inde, ont 2 à 9x d’homozygotie de plus que les Européens ou les Asiatiques de l’Est, ce qui les rend plus susceptibles de hériter de la même version d’un gène des deux parents.
Chaque individu de l’étude avait au moins un parent génétique, indiquant les niveaux de parenté dépassant de loin ceux observés ailleurs. Cette structure soudée peut rendre les troubles récessifs causés par une héritage de copies défectueuses du même gène des deux parents plus courantes que actuellement.
Un exemple est une variante BCHE pathogène liée à de graves réactions anesthésiques trouvées enrichies en telangana.
Comme tous les non-Africains, les Indiens portent des traces de race de métiers anciens avec d’autres hominins, avec des segments néandertaliens ou de Denisovan couvrant jusqu’à 1,5% du génome de certains Indiens. Ils ont également la plus grande variété de segments néandertaliens. «De multiples vagues de migration, suivies de l’endogamie à base de castes, probablement des segments archaïques fixes dans des groupes spécifiques, contribuant à cette forte diversité», a déclaré Lomous Kumar, généticien de population au Center for Anthropobiology and Genomics of Toulouse, France.
Les séquences dérivées de Néanderthal sont enrichies en gènes du système immunitaire. Une région sur le chromosome 3 (liée au Covid-19 sévère) est particulièrement courante dans l’est et le nord-est de l’Inde. Les variantes de Denisovan apparaissent dans des voies et des régions liées à l’immunité telles que le MHC, une région génomique clé impliquée dans la détection et la lutte contre les infections. « Les enrichissements en garniture et BTNL2, impliqués dans le montage des réponses immunitaires aux virus, suggèrent que certaines variantes ont été conservées parce qu’elles conféraient un avantage adaptatif », a déclaré le Dr Kerdoncuff. «Alors que les humains se déplaçaient dans de nouveaux environnements, héritant de ces variations des populations archaïques les a probablement aidés à s’adapter aux agents pathogènes inconnus.»
Seulement une partie de l’histoire
Les chercheurs ont découvert 2,6 crore de variantes génétiques sans papiers. Parmi ceux-ci, plus de 1,6 lakh était des variantes altérant les protéines absentes des bases de données mondiales et environ 7% étaient liées à la thalassémie, à la surdité congénitale, à la fibrose kystique et aux troubles métaboliques.
« Cela met en évidence à quel point les Indiens sont négligés dans les enquêtes génomiques », a déclaré le Dr Kerdoncuff, « limitant la découverte scientifique et réduisant la précision des prédictions des risques. La promesse de médecine de précision pour les populations sous-représentées souffre finalement. » Le Dr Kumar a ajouté: «Au sein de l’Inde également, les variantes rares et uniques spécifiques à la population continuent de rendre le complexe de scénarios», mettant l’accent sur les efforts localisés, sont également impératifs.
Pour aider à combler cette lacune, le Dr Kerdoncuff a déclaré que l’équipe élargit l’étude pour inclure des communautés plus isolées génétiquement. Ils étudient également les protéines et le métabolisme pour mieux comprendre comment les gènes influencent les résultats pour la santé. En parallèle, ils développent de nouveaux outils pour retracer les origines des gènes liés à la maladie dans les populations indiennes.
Pour rendre la médecine vraiment inclusive, la grande diversité génétique de l’Inde doit être au cœur de la recherche mondiale et appariée par des efforts plus profonds au niveau communautaire à la maison.
Anirban Mukhopadhyay est un généticien par la formation et le communicateur scientifique de Delhi.
Publié – 29 juin 2025 05:15 IST
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