Selon les experts belges, le Whole Genome Sequencing (WGS) offre de nouvelles opportunités pour améliorer la sécurité alimentaire bactérienne, mais soulève également certaines inquiétudes.
Un avis du Comité scientifique de l’Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA) a formulé plusieurs recommandations concernant la mise en œuvre de la technologie en Belgique.
Différents agents pathogènes d’origine alimentaire, notamment Salmonella, Listeria monocytogenes et E. coli producteur de Shiga Toxin (STEC) sont couverts dans le rapport. Il s’agit de l’objectif initial d’une base de données WGS développée par l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).
Le comité a conseillé à l’AFSCA, également connue sous le nom d’AFSCA ou FAVV, de commencer à effectuer la transition vers le WGS pour l’analyse des isolats alimentaires dans un avenir proche. Cela laisserait aux laboratoires le temps d’acquérir de l’expérience et de s’assurer qu’ils disposent de l’infrastructure nécessaire.
Situation actuelle et potentiel futur
En Belgique, l’utilisation du WGS à des fins de surveillance et de contrôle de la sécurité alimentaire n’est pas encore harmonisée, mais certains laboratoires utilisent cette technique. Le séquençage du génome entier est principalement effectué pour confirmer une épidémie et uniquement dans des cas spécifiques pour détecter de manière proactive un incident potentiel. Pour l’industrie alimentaire, les données WGS disponibles sont limitées et il n’existe pas encore de base de données centralisée.
À l’avenir, le WGS sera la méthode préférée pour les enquêtes sur la sécurité alimentaire bactérienne, en raison de son pouvoir discriminatoire élevé et de l’élimination progressive des anciennes méthodes de typage à l’échelle internationale. Il deviendra la technologie de choix pour les enquêtes sur les épidémies, le typage des souches pathogènes, la surveillance nationale et l’attribution de la source, ont déclaré les experts.
Malgré le fait que les méthodes et les pipelines WGS pour l’analyse des données évoluent et s’améliorent encore, WGS est prêt à être utilisé dans les activités d’enquête et de surveillance des épidémies. Cependant, il existe des limitations pour une mise en œuvre systématique et uniforme. Des efforts devraient être faits pour valider la méthodologie WGS et pour faciliter le partage et la comparaison des données.
Lors de l’utilisation du WGS pour le sous-typage de souches, dans le cadre d’une enquête sur une épidémie, des méthodes et des outils bioinformatiques validés ou internationalement reconnus doivent être utilisés et interprétés en fonction de l’agent pathogène impliqué et en tenant compte des preuves épidémiologiques et des métadonnées sur les souches. Ces données doivent inclure des éléments tels que l’emplacement, la source d’isolement, la date de collecte, l’organisation chargée de la collecte et les noms des échantillons et des souches.
Rôle de l’enquête épidémiologique
La technologie pourrait également être utilisée pour enquêter sur la présence d’agents pathogènes dans les environnements de transformation des aliments et pour suivre les processus de nettoyage et de désinfection.
D’ici juin 2022, la base de données européenne commune sera opérationnelle entre la base de données WGS de l’EFSA avec des isolats de produits alimentaires et TESSy de l’ECDC avec des isolats cliniques d’origine humaine.
Le comité a mis en garde contre l’interprétation correcte des résultats et la communication de la source de contamination lors d’une épidémie. Ils ont recommandé que les résultats basés sur le WGS sur la relation entre les souches dans les enquêtes sur les épidémies soient interprétés par une équipe multidisciplinaire comprenant des microbiologistes, des bio-informaticiens et des épidémiologistes possédant une expertise suffisante.
Il n’est pas possible de définir un seuil clair pour le nombre de différences génétiques entre les souches d’une même source. Les données WGS devraient être combinées avec des métadonnées informant la partie épidémiologique des épidémies, selon les scientifiques.
Il est également difficile d’estimer dans quelle mesure les entreprises alimentaires adopteront le WGS dans leur autosurveillance et dans quelle mesure elles seront disposées à partager des données.
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