Tout le monde parle de l’importance de construire et de préserver un microbiome intestinal sain, un Xanadu gastro-intestinal vanté notamment par les fabricants de kits de test à domicile. Mais est-il possible d’atteindre un tel paradis microbien – et le saurions-nous quand nous le verrons ?
Purna Kashyap, MBBS
Les réponses à ces questions sont, du moins pour le moment, hors de portée, selon deux experts d’un panel récent examinant la valeur des tests de microbiome intestinal directement destinés aux consommateurs.
Au cœur du problème : les chercheurs ne s’accordent pas toujours sur les meilleures méthodes pour quantifier et typer les micro-organismes qui composent un microbiome “normal” ou ce qu’ils signifient pour la santé d’une personne donnée, selon Purna Kashyap, MBBS, professeur de médecine et de physiologie à la Mayo Clinic, Rochester, Minnesota.
Le tractus gastro-intestinal humain abrite 100 billions de microbes, selon Kashyap, dont le laboratoire étudie non seulement les organismes qui composent cette masse étonnante, mais aussi comment ils interagissent avec le génotype de l’hôte, le régime alimentaire et la fonction gastro-intestinale.
Kashyap a récemment participé à un panel sur les tests de microbiome à l’Academy of Nutrition and Dietetics’ 2022 Food & Nutrition Conference & Expo à Orlando, en Floride.
Bien que les experts du microbiome humain conviennent que la diversité des organismes intestinaux est bonne, le kilométrage microbien individuel peut varier. En d’autres termes, les types, les quantités et les ratios de micro-organismes qui constituent un microbiome sain pourraient être définis différemment pour un individu donné, selon Kashyap. Même si des relations saines entre divers taxons sont finalement définies, la meilleure façon de les quantifier et leurs ratios dans le microbiome intestinal doivent encore être normalisés.
Levi Teigen, PhD, RD
Un problème est que l’écosystème dans son ensemble plutôt qu’une bactérie spécifique est la différence la plus probable entre un microbiome intestinal sain et malsain, selon Kashyap et son collègue panéliste, Levi Teigen, PhD, RD, professeur adjoint au département de gastroentérologie, d’hépatologie et de nutrition à l’Université du Minnesota, Minneapolis.
Dans le cadre expérimental, la plupart des techniques de mesure sont basées sur “des méthodes propriétaires qui manquent de validation dans de grandes cohortes”, a déclaré Kashyap. Et même si une définition significative d’un microbiome sain pouvait être établie, la mesure dans laquelle les changements alimentaires ou toute autre thérapie peuvent déplacer le microbiome vers un objectif de diversité du microbiome n’est pas claire.
“Le régime alimentaire semble aider à façonner la communauté du microbiome à long terme, mais les interventions à court terme ont un effet limité sur la composition du microbiote”, a déclaré Kashyap.
Votre bon, mon mauvais?
Teigen a tiré la même conclusion de base sur l’utilité actuelle des tests du microbiome intestinal directement au consommateur. Définir un microbiome sain ou les méthodes par lesquelles il peut être ciblé, a-t-il dit, sont des défis qui restent à relever.
“Pour le moment, les tests de microbiome à domicile ne sont pas validés d’une manière qui permette de fournir des informations utiles”, a-t-il déclaré. Actualités médicales Medscape.
Le microbiome intestinal est un “écosystème complexe”, a ajouté Teigen. “Ce que nous considérons comme un microbiome sain existe sur un continuum et sa fonction, ou ce qu’il fait, est fortement influencée par des facteurs externes tels que le système immunitaire et l’alimentation. La composition, ou quels microbes sont là, n’est qu’un élément de le puzzle et il ne nous dit pas grand-chose isolément.”
Deux des méthodes couramment utilisées pour évaluer le microbiome sont le séquençage des amplicons et des fusils de chasse. L’approche de l’amplicon, qui repose généralement sur le profilage du ARNr 16S gène, est moins coûteux et présente l’avantage de détecter les taxons en faible abondance. Mais pour le séquençage au niveau de l’espèce, le séquençage des amplicons est moins fiable que la méthode du fusil de chasse, a déclaré Teigen.
Le séquençage Shotgun implique l’analyse du génome à travers de petits fragments d’ADN qui sont séquencés individuellement. Il peut manquer des taxons présents en faible abondance et est plus coûteux à réaliser, mais il est plus utile pour identifier les espèces et les gènes qui sont fonctionnellement pertinents, selon Teigen.
Les deux technologies sont couramment utilisées dans les efforts expérimentaux pour caractériser et comprendre l’activité du microbiome intestinal, mais aucune ne peut révéler de manière fiable le degré auquel les micro-organismes de l’intestin contribuent au risque de maladie en général ou à des maladies spécifiques. L’une des raisons les plus importantes est que la fonction des souches microbiennes semble dépendre de l’interrelation avec d’autres micro-organismes présents.
Ce chevauchement devient rapidement déroutant, car “il existe également une redondance fonctionnelle pour que plusieurs taxons puissent remplir la même fonction”, a déclaré Teigen.
L’intelligence artificielle (IA) est recherchée avec avidité pour parcourir cette complexité, selon Kashyap. Des études récentes ont utilisé l’IA pour déterminer pourquoi les réponses glycémiques postprandiales (PPGR) varient chez les personnes ayant un régime alimentaire similaire. De toute évidence, de nombreuses variables connues – telles que la graisse corporelle et la consommation récente de fibres – et des facteurs inconnus affectent le PPGR, mais il a déclaré que l’apprentissage automatique s’avère prometteur pour combiner des variables cliniques avec des profils de microbiote afin de déterminer comment ces facteurs interagissent.
Kashyap a déclaré qu’il envisageait plusieurs applications cliniques à l’avenir, y compris le potentiel de tests directs au consommateur qui non seulement caractérisent le microbiome, mais utilisent également des facteurs spécifiques au patient dans un algorithme pour guider l’intervention. Dans le cas d’un PPGR anormal, les algorithmes pourraient guider la sélection de fibres alimentaires spécifiques ayant le plus grand potentiel de modification du microbiome intestinal afin d’améliorer le métabolisme du glucose.
Malgré les limitations actuelles, la recherche est active, et Teigen n’est pas le seul à prédire que les relations entre le microbiome et la maladie finiront par être comprises. La promesse est substantielle, mais il reste circonspect quant à la mesure dans laquelle les individus peuvent évaluer leur microbiome et apporter des changements pour améliorer leur santé en fonction de ce qui est actuellement connu.
Encore une fois, le problème n’est pas seulement de prouver une relation entre un profil de microbiome spécifique et les risques ou les avantages pour la santé, mais de prouver que le microbiome peut être modifié pour réduire ces risques.
“Jusqu’à présent, la fonctionnalité du microbiote est difficile à élucider”, a déclaré Teigen.
Kashyap a accepté. “Le profilage du microbiome intestinal devrait-il être utilisé pour déterminer l’intervention alimentaire? Pas encore”, a-t-il déclaré.
Kashyap rapporte des relations financières avec Intrinsic Medicine, le groupe IP, Novome Biotechnologies et Pendulum Therapeutics. Lui et d’autres à la Mayo Clinic ont également un intérêt financier dans le développement de bactéries productrices de tryptamine pour le traitement des troubles gastro-intestinaux. Teigen ne signale aucun conflit d’intérêts potentiel.
Présenté le 9 octobre à l’Academy of Nutrition and Dietetics’ 2022 Food & Nutrition Conference & Expo, Orlando, Floride.
Ted Bosworth est journaliste médical à New York.
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