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Comment les désinfectants contribuent à la résistance aux antimicrobiens

by Sophie Martin

Publié le 22 décembre 2025 à 17h14. L’utilisation massive de désinfectants, devenue monnaie courante depuis la pandémie de COVID-19, pourrait avoir un effet pervers : favoriser la résistance des microbes aux antibiotiques, un enjeu majeur de santé publique. Des chercheurs mettent en lumière les conséquences insoupçonnées de ces produits chimiques omniprésents dans notre quotidien.

  • Les composés d’ammonium quaternaire (CAQ), présents dans de nombreux désinfectants, sont retrouvés dans les eaux usées et peuvent contribuer à la résistance aux antibiotiques.
  • L’Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte sur une « augmentation extrêmement élevée » de la résistance aux antimicrobiens à l’échelle mondiale.
  • Une approche plus responsable de la propreté, privilégiant une utilisation ciblée des désinfectants, est nécessaire pour limiter les risques.

Pendant la pandémie de COVID-19, les désinfectants sont devenus un réflexe, un rempart contre le virus. Désinfectants pour les mains, lingettes, sprays antimicrobiens… ils ont envahi nos maisons, les hôpitaux, les lieux publics, nous procurant un sentiment de sécurité. Aujourd’hui, leur présence reste massive, mais une question cruciale se pose : quel est le coût caché de cette hygiène exacerbée ? Des études récentes suggèrent que les produits chimiques auxquels nous faisons confiance pour nous protéger pourraient, paradoxalement, aider les microbes à développer une résistance, y compris aux antibiotiques.

Parmi les ingrédients actifs les plus courants dans les désinfectants figurent les composés d’ammonium quaternaire (CAQ). On les retrouve non seulement dans les produits de nettoyage domestique et hospitalier, mais aussi dans des articles du quotidien tels que les adoucissants textiles et certains produits de soins personnels. Selon l’Agence américaine de protection de l’environnement (EPA), environ la moitié des produits figurant sur la Liste N des désinfectants efficaces contre le SARS-CoV-2 et la Liste Q pour les agents pathogènes viraux émergents contiennent des CAQ.

Cette utilisation généralisée entraîne une présence significative de CAQ dans les usines de traitement des eaux usées, via les effluents et les boues d’épuration, qui constituent les principales voies de rejet de ces composés dans l’environnement. Bien que plus de 90 % des CAQ soient généralement éliminés lors du traitement, de petites quantités persistent et atteignent les rivières et les lacs, où ils tendent à s’accumuler. Une fois dans l’environnement, ces produits chimiques entrent en contact avec des communautés microbiennes complexes, des réseaux de bactéries, d’archées et de champignons essentiels au recyclage des nutriments, à la purification de l’eau et au maintien des réseaux alimentaires.

Les CAQ sont conçus pour tuer les microbes, il n’est donc pas surprenant qu’ils affectent les communautés microbiennes. Cependant, ces dernières sont remarquablement adaptables. Certains micro-organismes succombent, mais d’autres survivent et développent des mécanismes de résistance. Ces adaptations peuvent non seulement leur permettre de survivre aux CAQ, mais également, et c’est là le point crucial, de renforcer leur résistance aux antibiotiques, comme le montrent de plus en plus d’études. Au niveau génétique, les gènes de résistance aux CAQ sont souvent transportés sur de l’ADN mobile, capable de se déplacer entre différentes bactéries, facilitant ainsi la propagation de la résistance. Ce phénomène, appelé co-résistance, permet aux gènes de résistance aux CAQ et aux antibiotiques de voyager ensemble.

Dans d’autres cas, un même mécanisme de défense protège à la fois contre les CAQ et les antibiotiques, un processus connu sous le nom de résistance croisée. L’utilisation croissante et généralisée des CAQ amplifie ces mécanismes, créant davantage d’opportunités pour la propagation de la résistance, et contribuant ainsi à l’augmentation mondiale des infections résistantes aux antibiotiques.

Un récent rapport de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) confirme cette tendance alarmante : la résistance aux antimicrobiens est « extrêmement élevée et en augmentation » à l’échelle mondiale. En 2023, une infection bactérienne sur six confirmée en laboratoire était résistante au traitement antibiotique. Entre 2018 et 2023, la résistance a augmenté dans plus de 40 % des combinaisons pathogène-antibiotique surveillées, avec une augmentation annuelle moyenne de 5 à 15 %.

L’OMS estime qu’en 2019, la résistance bactérienne aux antimicrobiens a directement causé 1,27 million de décès et contribué à près de cinq millions de décès supplémentaires dans le monde. Ce qui commence comme un choix d’entretien ménager peut donc avoir des répercussions considérables sur la santé publique. La résistance aux antimicrobiens est souvent perçue comme un problème clinique lié à la mauvaise utilisation des antibiotiques, mais elle prend racine bien plus tôt, dans nos foyers, dans les eaux usées, dans les rivières, les lacs et les sols – des environnements où les microbes échangent des gènes de résistance et s’adaptent aux pressions chimiques d’origine humaine. Une fois apparue, cette résistance peut revenir nous affecter.

Le dilemme des désinfectants est donc une boucle de rétroaction : nous désinfectons pour prévenir les maladies, mais les produits chimiques que nous utilisons peuvent discrètement rendre les microbes plus difficiles à contrôler. Il ne s’agit pas pour autant de renoncer à la désinfection, qui reste essentielle dans certains contextes, notamment dans les hôpitaux et les environnements à haut risque. Le problème réside dans son utilisation excessive dans la vie quotidienne, où l’idée de « propre » est souvent synonyme d’absence totale de microbes, sans tenir compte des conséquences.

Il est important de souligner que certains désinfectants persistent dans l’environnement après leur utilisation, continuant à influencer les communautés microbiennes au-delà de leur effet initial. Les CAQ en sont un exemple frappant, car ils persistent dans l’environnement, exposant les microbes à des pressions sélectives chroniques qui peuvent favoriser le développement de résistances. D’autres désinfectants, comme l’alcool et l’eau de Javel, peuvent également avoir des effets environnementaux significatifs, soulignant la nécessité d’évaluer les risques de manière plus globale, en tenant compte des conséquences écologiques à long terme.

En conclusion, le dilemme du désinfectant nous rappelle que la gestion des microbes relève autant de l’écologie que de la chimie. Pour nettoyer de manière responsable, nous devons penser au-delà de l’élimination immédiate des microbes et réfléchir à la manière dont nos choix façonnent le monde microbien auquel nous serons confrontés à l’avenir.

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